在已投运的石灰石-石膏脱硫系统中，GGH或多或少地遇到过结垢、腐蚀和堵塞等问题。结垢造成净烟气不能达到设计要求的排放温度，并对下游设施造成腐蚀。表面结垢使GGH换热效率降低，GGH换热面结垢后，污垢的导热系数比换热元件表面的防腐镀层小，热阻增大。随着结垢厚度的增加，传热热阻增大，在原烟气侧高温原烟气热量不能被GGH换热元件有效吸收，换热元件蓄存热量达不到设计值。换热元件回转到净烟气侧，GGH换热元件本身没有储存到充足热量，由于结垢而不能释放出来被净烟气吸收，因此净烟气的温升达不到设计要求，结垢越严重换热效率就越差，造成吸收塔耗水量增加。对于600MW机组，进入吸收塔的烟气温度每升高10℃，大约增加水耗量10t/h。 结垢还会引起增压风机（如果脱硫增压风机与锅炉引风机合并，则为引风机）能耗增加，GGH结垢后，烟气通流面积减小，阻力增大。对于600MW机组，GGH阻力每增加100Pa，电耗大约增加100KW/h。

GGH结垢现象不可避免，因为引起结垢的因素是多方面的，有设计、设备、运行、等各个方面，如燃煤品种、吸收塔液位控制、除雾器效率、GGH的构造、GGH的定期吹扫效果等。为了提高GGH的换热效率，电力企业除不断改进脱硫系统设计外，还加强了GGH的定期停机清洗。